MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Staphylococcus aureus subsp. aureus ST398 plasmid pS0385-1

Total Repeats: 128

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017334	CTA	2	6	113	118	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387603992
2	NC_017334	AT	3	6	145	150	50 %	50 %	0 %	0 %	387603992
3	NC_017334	GTG	2	6	169	174	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387603992
4	NC_017334	TCA	2	6	182	187	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387603992
5	NC_017334	GAA	2	6	242	247	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387603992
6	NC_017334	A	6	6	255	260	100 %	0 %	0 %	0 %	387603992
7	NC_017334	TTA	2	6	263	268	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387603992
8	NC_017334	TGA	2	6	281	286	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387603992
9	NC_017334	ACAT	2	8	347	354	50 %	25 %	0 %	25 %	387603992
10	NC_017334	TTAAAC	2	12	502	513	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	387603992
11	NC_017334	AAGA	2	8	581	588	75 %	0 %	25 %	0 %	387603992
12	NC_017334	TA	3	6	652	657	50 %	50 %	0 %	0 %	387603992
13	NC_017334	CAT	2	6	713	718	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387603992
14	NC_017334	T	6	6	768	773	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017334	TAATAT	2	12	802	813	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017334	TTCG	2	8	876	883	0 %	50 %	25 %	25 %	387603993
17	NC_017334	TTC	3	9	984	992	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387603993
18	NC_017334	CCA	2	6	1097	1102	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	387603993
19	NC_017334	TAT	2	6	1187	1192	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387603993
20	NC_017334	TAA	2	6	1199	1204	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387603993
21	NC_017334	TC	3	6	1216	1221	0 %	50 %	0 %	50 %	387603993
22	NC_017334	A	6	6	1262	1267	100 %	0 %	0 %	0 %	387603993
23	NC_017334	TAG	2	6	1300	1305	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387603993
24	NC_017334	ATC	2	6	1314	1319	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387603993
25	NC_017334	AATCT	2	10	1337	1346	40 %	40 %	0 %	20 %	387603993
26	NC_017334	TTA	2	6	1373	1378	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387603993
27	NC_017334	GTTT	2	8	1415	1422	0 %	75 %	25 %	0 %	387603993
28	NC_017334	GCTTTA	2	12	1507	1518	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	387603993
29	NC_017334	TTTG	2	8	1522	1529	0 %	75 %	25 %	0 %	387603993
30	NC_017334	CA	3	6	1654	1659	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
31	NC_017334	A	6	6	1774	1779	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017334	AT	4	8	1824	1831	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017334	AAC	2	6	1883	1888	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_017334	T	7	7	1895	1901	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017334	ATG	2	6	1908	1913	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017334	TTA	2	6	1961	1966	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017334	T	7	7	2008	2014	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017334	TAT	2	6	2028	2033	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017334	ACT	2	6	2050	2055	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_017334	TACT	2	8	2071	2078	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
41	NC_017334	ATTTC	2	10	2108	2117	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_017334	TGT	2	6	2180	2185	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017334	CCAA	2	8	2224	2231	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
44	NC_017334	CCAA	2	8	2265	2272	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
45	NC_017334	TGT	2	6	2337	2342	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387603994
46	NC_017334	TTG	2	6	2345	2350	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387603994
47	NC_017334	CTGTTC	2	12	2351	2362	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	387603994
48	NC_017334	T	7	7	2383	2389	0 %	100 %	0 %	0 %	387603994
49	NC_017334	TCT	2	6	2427	2432	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387603994
50	NC_017334	TTA	2	6	2439	2444	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387603994
51	NC_017334	TTC	2	6	2464	2469	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387603994
52	NC_017334	TTTA	2	8	2603	2610	25 %	75 %	0 %	0 %	387603994
53	NC_017334	ATC	2	6	2615	2620	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387603994
54	NC_017334	TC	3	6	2623	2628	0 %	50 %	0 %	50 %	387603994
55	NC_017334	ATC	2	6	2645	2650	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387603994
56	NC_017334	TA	3	6	2669	2674	50 %	50 %	0 %	0 %	387603994
57	NC_017334	AGC	2	6	2699	2704	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387603994
58	NC_017334	TTA	2	6	2743	2748	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387603994
59	NC_017334	TAAA	2	8	2779	2786	75 %	25 %	0 %	0 %	387603994
60	NC_017334	T	6	6	2902	2907	0 %	100 %	0 %	0 %	387603994
61	NC_017334	T	6	6	2944	2949	0 %	100 %	0 %	0 %	387603994
62	NC_017334	GTT	2	6	3025	3030	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387603994
63	NC_017334	ATCT	2	8	3046	3053	25 %	50 %	0 %	25 %	387603994
64	NC_017334	T	6	6	3071	3076	0 %	100 %	0 %	0 %	387603994
65	NC_017334	CTT	2	6	3088	3093	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387603994
66	NC_017334	CAT	2	6	3109	3114	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387603994
67	NC_017334	AAC	2	6	3125	3130	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387603994
68	NC_017334	T	6	6	3151	3156	0 %	100 %	0 %	0 %	387603994
69	NC_017334	ATA	2	6	3178	3183	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387603994
70	NC_017334	A	6	6	3230	3235	100 %	0 %	0 %	0 %	387603994
71	NC_017334	TCT	2	6	3246	3251	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387603994
72	NC_017334	T	6	6	3355	3360	0 %	100 %	0 %	0 %	387603994
73	NC_017334	ATCA	2	8	3362	3369	50 %	25 %	0 %	25 %	387603994
74	NC_017334	TTA	2	6	3372	3377	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387603994
75	NC_017334	TTA	2	6	3387	3392	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387603994
76	NC_017334	TAAG	2	8	3413	3420	50 %	25 %	25 %	0 %	387603994
77	NC_017334	ATT	3	9	3452	3460	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387603994
78	NC_017334	TAA	2	6	3615	3620	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017334	A	6	6	3670	3675	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017334	ATATA	2	10	3716	3725	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017334	AAT	2	6	3760	3765	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387603995
82	NC_017334	ACA	2	6	3775	3780	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387603995
83	NC_017334	ATA	2	6	3785	3790	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387603995
84	NC_017334	AGA	2	6	3829	3834	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387603995
85	NC_017334	CCT	2	6	3890	3895	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	387603995
86	NC_017334	A	6	6	3923	3928	100 %	0 %	0 %	0 %	387603995
87	NC_017334	CTT	3	9	3963	3971	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387603995
88	NC_017334	ACT	2	6	3979	3984	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387603995
89	NC_017334	AGT	2	6	4051	4056	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387603995
90	NC_017334	CAA	2	6	4074	4079	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387603995
91	NC_017334	A	6	6	4078	4083	100 %	0 %	0 %	0 %	387603995
92	NC_017334	A	6	6	4094	4099	100 %	0 %	0 %	0 %	387603995
93	NC_017334	TAAAA	2	10	4123	4132	80 %	20 %	0 %	0 %	387603995
94	NC_017334	AAT	2	6	4136	4141	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387603995
95	NC_017334	A	6	6	4160	4165	100 %	0 %	0 %	0 %	387603995
96	NC_017334	CCA	2	6	4166	4171	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	387603995
97	NC_017334	TCA	2	6	4257	4262	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387603995
98	NC_017334	CTA	2	6	4290	4295	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387603995
99	NC_017334	CCA	2	6	4310	4315	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	387603995
100	NC_017334	AAAC	2	8	4318	4325	75 %	0 %	0 %	25 %	387603995
101	NC_017334	TAA	2	6	4362	4367	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387603995
102	NC_017334	TAA	2	6	4395	4400	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387603995
103	NC_017334	A	6	6	4408	4413	100 %	0 %	0 %	0 %	387603995
104	NC_017334	A	6	6	4430	4435	100 %	0 %	0 %	0 %	387603995
105	NC_017334	ATA	2	6	4472	4477	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387603995
106	NC_017334	T	6	6	4517	4522	0 %	100 %	0 %	0 %	387603995
107	NC_017334	TAA	2	6	4548	4553	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387603995
108	NC_017334	TAT	2	6	4621	4626	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387603995
109	NC_017334	T	7	7	4699	4705	0 %	100 %	0 %	0 %	387603995
110	NC_017334	ACC	2	6	4727	4732	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	387603995
111	NC_017334	GCA	2	6	4751	4756	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387603995
112	NC_017334	A	6	6	4795	4800	100 %	0 %	0 %	0 %	387603995
113	NC_017334	CAAT	2	8	4821	4828	50 %	25 %	0 %	25 %	387603995
114	NC_017334	AAT	2	6	4855	4860	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387603995
115	NC_017334	T	7	7	4867	4873	0 %	100 %	0 %	0 %	387603995
116	NC_017334	TA	3	6	4879	4884	50 %	50 %	0 %	0 %	387603995
117	NC_017334	CTG	2	6	4905	4910	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387603995
118	NC_017334	AT	3	6	4931	4936	50 %	50 %	0 %	0 %	387603995
119	NC_017334	AGT	2	6	4966	4971	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387603995
120	NC_017334	CATTT	2	10	5014	5023	20 %	60 %	0 %	20 %	387603995
121	NC_017334	A	6	6	5032	5037	100 %	0 %	0 %	0 %	387603995
122	NC_017334	AAAC	2	8	5071	5078	75 %	0 %	0 %	25 %	387603995
123	NC_017334	T	6	6	5086	5091	0 %	100 %	0 %	0 %	387603995
124	NC_017334	TAAAC	2	10	5095	5104	60 %	20 %	0 %	20 %	387603995
125	NC_017334	ATT	2	6	5149	5154	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017334	A	7	7	5201	5207	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017334	TCC	2	6	5208	5213	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
128	NC_017334	AT	3	6	5232	5237	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.